Tot december 2007 is versie 3.1 PRO als meest actuele versie uitgeleverd geweest. Deze versie was verkrijgbaar sinds 1 september 2005. Elke vier weken is er jaar in jaar uit een update verschenen, steeds gratis te downloaden indien je instelling een jaarlicentie had. Versie 3.1 is begin 2008 opgevolgd door versie 4.0 en die weer door versie 5.0 in 2015.  

Informatie bij versie 3.1:

[1] Het programma is opgezet om verzamelingen toetsvragen en opdrachten (tientallen soorten) te beheren in een database. Aan die vragen en opdrachten koppelde je (maximaal 25 verschillende) trefwoorden en verder commentaren en alle soorten van bronnen.

[2] Op basis hiervan filterde je delen uit. Hiervoor zaten er diverse keuzemogelijkheden ingebouwd, van at random vragen selecteren tot selecteren via een uitgebreide query.

[3] De uitgefilterde delen kon je afdrukken op papier, wegschrijven naar html, digitaal afnemen in een netwerk of binnen ons (toenmalige) cms Jinny of exporteren naar een elektronische leeromgeving. WinToets was en is het enige toetsprogramma, dat deze mogelijkheden had verenigd in één programma. Het kon wegschrijven naar vele elo's. Voor het afdrukken was er een wizard, met tientallen instelmogelijkheden.